Los órganos internos de control forman parte del Sistema Estatal de Fiscalización y su función es vigilar el uso de los recursos que se ejercen en los organismos autónomos, así como en los poderes Judicial y Legislativo.

Los órganos internos de control que actualmente forman parte del Sistema son:

• del Poder Legislativo
• del Poder Judicial
• de la Comisión Estatal de los Derechos Humanos (CEDHJ)
• del Instituto de Transparencia, Información Pública y Protección de Datos Personales del Estado de Jalisco (ITEI).
• del Tribunal de Justicia Administrativa
• del Tribunal Electoral